突如現れたとても奇妙な担任教師によって1学期の授業は始まった。落ちこぼれクラス「エンドのE組」と呼ばれた生徒たちは、暗殺教室というかつて経験したことのない特別授業や様々な試練を通じて、新たな仲間と絆、そして少しずつ自分たちに自信を持っていく。そして、1学期が終了し迎えた夏休みもいよいよ最後の日を迎えた。新たに始まる2学期、3年E組の生徒たちは期限の卒業までに担任教師である「殺せんせー」暗殺ミッションを成功させることができるのか。
