宇宙開発に携わる科学者・沖一也は、惑星開発用改造人間の被験者に志願し「スーパー1」というコードネームを与えられる。 しかし、邪悪な「ドグマ王国」の襲撃により研究所は壊滅。変身に必要な制御装置も破壊されてしまう。 生き残った沖一也は赤心少林拳の修業により「仮面ライダースーパー1」への変身の呼吸を会得し、ドグマ王国や地球侵略を目論む「ジンドグマ」との熾烈な戦いに身を投じるのだった！
